O funcionamento do CIAUD é assegurado pela Equipa interna, que agrega valências de suporte científico, administrativo, financeiro e de comunicação.

O CIAUD está a investir na estabilização e na formação avançada da sua Equipa, progressivamente ajustada à dimensão do Centro, com vista a modernizar procedimentos e a permitir aos investigadores focar-se na prossecução dos objetivos estratégicos propostos.