O CIAUD é constituído por Grupos de Investigação interdisciplinares, que são estruturas bottom-up onde os investigadores se associam por existir uma convergência temática, de enfoque, metodológica ou tecnológica.

Os grupos de investigação constituem o motor da atividade do CIAUD. Apresentam foco e massa crítica, acolhem os membros colaboradores e doutorandos, promovem projetos de I&D financiados, de base ou aplicados, e apresentam resultados científicos e/ou impacto societal.